Najważniejszą atrakcją związaną z uniwersyteckimi korzeniami Bolonii jest Pałac dell’Archiginassio (Palazzo dell’Archiginassio). Kompleks został wybudowany w 1563 roku i to tutaj aż do roku 1803 mieściła się główna siedziba Uniwersytetu. Od 1838 roku w pałacu znajduje się biblioteka miejska, w której znajduje się dziś blisko 800 tysięcy egzemplarzy książek i wiele tysięcy manuskryptów czy listów.
W 1944 roku budynek został poważnie zniszczony i w kolejnych latach był pieczołowicie odbudowany. Mimo że większość pomieszczeń nie jest dostępna dla zwiedzających to w środku możemy zobaczyć słynny drewniany Teatr Anatomiczny (Teatro Anatomico), gdzie dawniej wykonywało się sekcje zwłok, a drzwi były otwarte dla publiczności.